环境科学与工程学院成立于2007年，现有环境工程、水务工程和环境工程（中加班）专业，在校生 600人。2012年开始招收车辆工程领域机动车污染控制与防治技术方向、电气工程领域电力环保和能源电力系统规划方向的专业硕士研究生，与华北电力大学、桂林理工大学、浙江工业大学等高校联合培养研究生30余人，2019年在光学工程领域环境光学方向招收专业硕士研究生。
学院现有教学科研人员60人，其中加拿大工程院院士1人，教育部长江学者特聘教授2人，国家杰出青年基金获得者2人，国家“万人计划”领军人才1人，闽江学者2人，福建省教学名师1人。学院教师队伍结构合理，素质精良，专职教师中43%具有海外学术背景，57%具有高级职称，90%具有博士学位，96%为双师双能型。此外，学院还聘请了多名国内外院士、环境领域知名学者、企事业单位专家为我院客座教授。
学院教学科研硬件基础雄厚，拥有4000平方米的专业实验室，价值4000万元的专业实验设备和仪器。建设有福建省农村污水处理与用水安全工程研究中心（省级）、环境生物技术福建省高校重点实验室（省级）等9个科研平台。研究领域涉及环境污染控制、流域综合管理、能源系统规划、气候变化等。并形成了污水处理、饮水安全、海绵城市建设以及环境系统分析等特色方向。近年来，承担了国家及省部级各类科研项目200余项，在国际SCI杂志上发表论?100余篇，授权发明专利20余项，科研经费达3000万元?；袷〔考犊萍冀蕉冉?项，厦门市科技进步二等奖2项，市专利奖1项等。
学院秉持“以学生为本，为产业服务”的办学理念，注重国际交流与合作，根据社会和行业需求，积极探索校企和国际合作办学，着力构建实践性、创新型的人才培养体系。已与加拿大麦克马斯特大学、里贾纳大学、日本北海道大学、台湾中原大学、成功大学、香港公开大学等多所高校建立了良好的合作交流机制；与省内外近20家企事业单位共建了研究生联合培养基地，吸收不同学科领域的专家学者和实践领域有丰富经验的专业人员作为校外导师，共同承担学生的培养工作。一批优秀的学生被加拿大里贾纳大学、丹麦科技大学、北京师范大学、华北电力大学等国内外高等学府录取。