1959年成立中国人民解放军新疆军区生产建设兵团农学院（简称兵团农学院）畜牧兽医系，1994年成立石河子农学院动物科学系，2001年成立动物科技学院，是石河子大学传统优势学院之一。
学院紧密结合兵团区域经济建设，经过近20年的建设与发展，在人才培养、师资队伍建设、学科建设、学术团队结构的优化、科研水平提高等方面取得突破性进展，成效显著；科研平台、基地建设和人才培养环境明显改善，在兵团和地方开展了广泛而深入的社会和经济服务，学科方向具有较显著的区域特色。涌现出荣获“农业部有突出贡献的中青年专家和教育部、人事部有突出贡献的回国留学人员”称号的姜悦平教授，“农业部教书育人先进教师、兵团职业道德先进个人”称号的张高轩教授，“兵团劳动模范、自治区优秀专业技术工作者”称号的李一善教授，“全国模范教师暨自治区、兵团优秀共产党员”称号的代江生教授等许多知名教师。
学院下设动物医学系、动物科学系；设有2个本科专业——动物医学专业和动物科学专业；动物医学为国家级特色专业，动物科学专业入选教育部卓越农林人才教育培养计划改革试点项目（拔尖创新型）。畜牧学为国家一级学科博士学位授权点和博士后流动站，兽医学为一级学科硕士学位授权点。“动物生产与疾病控制”是国家“211工程”重点建设项目。畜牧学和兽医学均为新疆维吾尔自治区高原学科。
学院教职工81人，其中专任教师61人，其中教授23人，副教授27人，高级实验师8人。专任教师中具有博士学位者47人，有出国留学经历的12人，高级职称教师占专任教师的81.97%。双聘院士3人，享受政府特殊津贴人员 2人，农业部有突出贡献专家2 人，自治区突出贡献优秀专家1 人，兵团英才3人，兵团优秀青年教师1人，兵团中青年领军人才2人。
本科生723人，生师比11.85:1；各类在校研究生278人，其中博士研究生63人。学院立足西北边疆和兵团农垦事业，始终坚持“专业知识扎实，实践技能过硬”的教育理念，在近60年的办学过程中，培养了一大批社会实践能力强和具有创新精神的高级畜牧兽医专业人才，广泛受到农牧团场和企业的欢迎。学院连续获得第三届、第四届全国“生泰尔杯”大学生动物医学专业技能大赛一等奖，全国大学生第二届动物科学专业技能大赛一等奖。
学院现有“动物健康养殖”国家级国际联合研究中心， “动物遗传改良与疾病控制” 自治区重点实验室， “动物疾病防控” 兵团重点实验室；“绵羊育种与疾病控制”兵团国际科技合作基地；新疆畜牧兽医科技服务生产力促进中心等5个实验平台。有自治区和兵团精品课程3门。有预防兽医学实验室、基础兽医学实验室、临床兽医学实验室、动物遗传育种与繁殖实验室、动物饲料与营养实验室5个本科教学实验室。各种仪器设备2000多台套，总价值5299.19万元。有本科学生专业综合实习点63个，校外产学研教学实习基地39个。学院设有畜牧试验站、饲料添加剂厂、动物医院等校内教学、科研与成果转化基地。新建的面积为1100平米的石河子大学动物馆，收藏了200多种家养动物和野生动物标本，成为学生专业教育和普及科学文化知识的基地。
近年来，学院先后承担了国家重大基础研究发展计划“973专项”、国家转基因专项、国际科技合作重大项目、国家自然科学基金、教育部、兵团项目及各类横向项目等192项，科研经费达5000余万元?；竦帽趴萍冀揭坏冉?项，二等奖3项；获国家授权发明专利31件；发表学术论文400多篇，其中SCI、EI论文100余篇。
学院坚持“开发、合作”的理念，积极拓展国内国际合作与交流，持续提升学院影响力。与新西兰、日本、俄罗斯、哈萨克斯坦等国家的多所著名大学或科研机构建立校际合作关系，承办了“上合组织国家现代畜禽养殖和疾病防治培训班”。近四年先后邀请国外专家10余人次，国内专家20余人次来院做报告和进行学术交流，选派教师13人次到国外访学或进修，教师18人次到国外参加国际学术会议。每年接待合作研究与交流人员达 50 人次以上，选派36名本科生赴华南农业大学插班学习?；吓┮荡笱磕暄∨山淌Ω拔以褐Ы毯脱踅涣?。
秉承“明德正行、博学多能”的校训，坚持立德树人，坚持教学、科研两个中心，坚持产学研紧密结合，不断完善人才培养体系，以为国家培养高质量专门畜牧兽医人才为己任，努力把学院建设成为人才培养体系完善、专业特色鲜明、区内领先、西北有较大影响的高水平教学研究型学院。