近年来，学校根据学科发展以及国家和天津市等地方需求，责成环境科学与工程学院和生命科学学院共建生态学学科，大大促进了该学科的发展。2011年，获调整后首批生态学一级博士/硕士学位授权点；同年，还被批准为天津市一级重点学科。2012年又被教育部批准设立生态学博士后首批流动站。目前是国务院学位委员会生态学学科评议组成员单位。
　　本学科当前分为7个研究方向，各具特色，即理论生态学、环境生态学、污染生态学、全球变化生态学、工业生态学、恢复生态学、生态规划与管理。其中，污染生态学、环境生态学是南开大学重点和优势研究方向和分支学科，在国内外均具有重要和领先地位。为了应对人类为解决一系列全球性生态环境问题的需求，南开大学全球变化生态学研究方向从无到有，近年来得到迅速发展。