南京信息工程大学具有系统科学一级学科硕士学位授予权，分系统分析与集成和系统理论两个硕士专业，其中系统分析与集成硕士专业始建于1998年，是学校的重点学科之一，主要研究方向包括复杂系统理论与应用、计算机控制与信息技术、大系统建模仿真与优化，经济系统分析、模式识别与智能控制、信息系统分析与集成、智能测试系统等。现有教授8名，副教授11名，其中博士生导师2名。已经培养出硕士研究生96名，现有在读研究生156名。近年来主持有国家自然科学基金、江苏省六大人才高峰、省科技发展计划、省科技攻关等省部级以上项目10余项，获得国家专利5项，省部级以上奖励10余项，出版教材及专著10余部，发表在国内外重要刊物上的论文500余篇，其中被SCI、EI、ISTP等收录100余篇。

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