马克思主义学院的前身是1986年成立的马列主义教研部。2016年2月，入选湖南省重点建设思想政治理论课教学科研机构。2016年3月，学校正式成立马克思主义学院。
学院下设5个教研室。现有专职教师28人，其中教授4人、副教授10人；博士9人，博士后1人。现有马克思主义理论一级学科硕士学位点1个，湖南省中国特色社会主义理论体系研究中心湖南中医药大学研究基地1个，湖南省思想政治工作研究基地1个。
近三年，马克思主义学院以建设省级重点思政机构为契机，大力加强学科建设和队伍建设，探索“一体四翼”教学改革模式，积极开展体现中医院校特点的马克思主义理论研究、理论教育和宣传普及，大力推动党的十九大精神与习近平中国特色社会主义思想进教材、进课堂、进学生头脑，在建设成为省内先进、国内知名、同类院校有较大影响的马克思主义理论研究、教育、宣传阵地这一建设目标上已取得显著的阶段成果。