黑龙江大学是全国高校中最早开设思想政治理论课，对大学生进行系统的马克思主义理论教育的学校之一。早在1950年哈尔滨外国语专科学校时期，就设立了马克思主义理论教研室，对大学生进行系统的马克思主义理论教育。

1958年黑龙江大学成立时，在原马克思主义理论教研室的基础上成立了黑龙江大学哲学系，全校的马克思主义理论课教学工作由哲学系承担（其中1964年、1972年曾两次从哲学系中分离出马列教研室，作为学校党委支属的独立机构），这种情况一直持续到文革结束。文革后马列主义教研室从哲学系分离出来，成为单独的教学机构。

1979年9月，校党委批准成立马列教研部，下设4个教研部，负责全校思想政治理论课教学工作。

2006年12月，黑龙江大学在原马列教研部的基础上，通过整合哲学、历史学、经济学等相关学科的资源，成立马克思主义学院。马克思主义学院下设马克思主义基本原理教研部、思想政治教育教研部、马克思主义中国化研究教研部、国际关系教研部、中国近现代史纲要教研部等5个教研部。

2010年学校将“形势与政策”课程的教学工作划入马克思主义学院后，马克思主义学院将原来的国际关系与中国近现代史教研部分开，设立了中国近现代史纲要教研部和国际关系教研部。同时学院还设有黑龙江省“两课”教师和政工干部培训中心。

2015年9月我院成立“习近平系列重要讲话精神教研部”。

2017年11月在“习近平系列重要讲话精神教研部”的基础上成立了“习近平新时代中国特色社会主义思想教研部”

2017年11月15日，经学校同意，我院又成立了：习近平新时代中国特色社会主义思想研究院。

2017年获批马克思理论一级学科

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