空军军医大学从1962年起开始招收研究生，是全国首批硕士、博士学位授予单位，首批临床医学、口腔医学专业学位试点单位，建立了入学选拔、课程学习、课题研究、实践活动、毕业答辩和和学位授予等系列完备的质量保证体系。近年来，积极开展研究生教育创新活动，实施“精优论文计划”，推行免试攻读硕士学位、硕博连读、直接攻博、博士课题资助、公派研究生出国项目、学位论文检测和终末评审、学术交流资助、研究生奖助学金等，人才培养质量得到进一步提升。